土壤通氣性除對作物種子萌發和根系生長有明顯的影響外，還對土壤微生物的活性和養分的轉化產生影響。當土壤空氣中缺氧時，釋放的速效性養分有限，硝化細菌不能活動，還可能引發反硝化作用，使氮素損失。在缺氧條件下，只有固氮能力很弱的嫌氣性固氮菌括動，而固氮能力很強的根瘤菌和好氣性自生固氮菌的活動則受到抑制。
土壤通氣性還會影響氧化還原狀況。土壤中某些營養元素如氮、硫、鐵、錳、磷等，在土壤通氣性良好時呈氧化態，而在通氣不良時則呈還原態。若土壤通氣不良，還原狀態過強，硝態氮的含量急劇下降。例如，水田淹水時，銨態氮在氧化層被氧化為硝態氮，隨水下滲至還原層后，可被還原成游離氮或氧化氮而逸失。此外，通氣不良會產生過多的還原性物質如硫化氫等，對作物根系有毒害作用。凡是影響土壤孔隙狀況的因素如土壤質地、結構、有機質含量、松緊狀況以及土壤水分含量等都能影響土壤通氣性。所以農業生產中常采用增加有機質含量、促進良好結構的形成，以及適當深翻、中耕松土、排水落干等措施，來調節土壤通氣性和改善土壤空氣狀況。
一般來講，對通氣性良好而保肥性能較差的沙性士，基肥可多施用一些如牛糞一類的冷性肥料或腐熟程度較差的有機肥料，追施氮素應掌握&1dquo;少量多次”原則，以減少養分損失，提高肥料利用率，后期要適當補施氮肥，防止作物因早衰而減產；對于通氣性較差而保肥性能良好的黏性土，基肥可施用馬糞一類的熱性肥料或腐熟程度較好的有機肥料，后期氮素追肥不宜過多、過晚，以免作物貪青晚熟或倒伏減產。
