微量元素肥料有固體和液體兩種，施用方法很多，根據不同的條件和目的，可作基肥、種肥或追肥。施用時可直接施入土壤，也可進行種子處理（浸種、拌種）、蘸秧根或葉面噴施。
(1)土壤施肥。一般是在土壤嚴重缺乏微量元素時，才向土壤施用固體微量元素肥料，且多施用工業上含微量元素的廢棄物。土壤施用固體微量元素肥料有后效，一般可每隔3--4年施用1次。
(2)植物體施肥。它是微量元素肥料最常用的施肥方法。一般有以下幾種施用方法：
①拌種。用少量溫水將微量元素肥料溶解，配成較高濃度的溶液，噴灑在種子上，邊噴邊攪拌，使種子沾有一層微肥溶液，陰干后播種。拌種所用肥料量雖比浸種多，但種子吸水比浸種少，比較安全。拌種時用量一般為每千克種子用微肥2-6克，最好能先作預備試驗，確定最適用量。以不影響種子正常出苗為原則。
②浸種。用含有微肥的水溶液浸泡種子，使肥料隨水進入種皮。微肥浸種常用的濃度是0.01%-0.1%，浸泡時間一般為12-24小時。浸泡后的種子要及時播種，以免霉爛變質。
③蘸秧根。這是對水稻及其他移栽作物的特殊施肥方法，操作簡便，效果良好。用于蘸秧根的肥料應沒有有害物質，酸堿性不可太強。
④葉面噴施。葉面噴施微肥是經濟、有效施用微肥的方法。固體微肥常用的濃度為0.01%-0.1%，具體用量和噴灑次數應隨微肥種類、作物種類、植株大小等而定。液體微肥的稀釋倍數以產品使用說明為準。
