護根育壯苗是棚室辣椒成功栽培的基礎
辣椒根系不發達，苗期基本上是兩列側根，根條數也較少，而且根系受傷后恢復能力也較差，護根栽培突出重要。因此，育壯苗應抓住護根育苗技術。再者，辣椒苗生長慢、育苗期長，注意防低溫防病才能育出壯苗。
辣椒的育苗床土和播種方法與茄子、番茄相同。辣椒浸種前也適于用l0%的磷酸三鈉浸種消毒15-20分鐘，能有效預防病毒病。消毒后用20 - 30℃清水浸泡10分鐘后漂出癟種子，繼續浸8-10小時，出水后晾干浮水，可在28 -30℃下催芽，但以每天16小時30℃、8小時20℃變溫催芽效果好。播種至出苗要求較高土溫，以20℃以上土溫有利出苗。
為了少損傷根系應盡早分苗，當子葉展平又充分變綠時就分苗，而且一次分苗育成苗。用上口直徑10厘米以上的大缽盛床土分苗，每缽移栽一棵苗，有利發根壯秧。
分苗前澆透育苗盤，帶濕土起苗、栽苗，盡量少傷根。分苗后把苗缽擺在高畦、架床、馬糞溫床或電熱溫床上，保持地溫18℃以上，苗缽上面遮蓋地膜保溫保濕，創造溫暖濕潤的苗床條件，促進發根緩苗。但要注意地膜不能蓋嚴，四周要通氣，防止因中午高溫烤傷秧苗。緩苗成活后噴緩苗水，苗床在晴天白天氣溫要求為25 - 30℃，夜間15 - 16℃，促進發根長苗。幼苗頂膜生長到3-4片真葉時掀掉地膜。
辣椒苗喜較濕潤的土壤和空氣條件，又不像番茄那樣易徒長，幼苗生長過程中應常澆水，保持缽內床土濕潤，又能增加一些空氣濕度，根系發育快，地上莖葉生長也較快。辣椒苗比番茄苗喜肥，幼苗展出5-6片真葉時一般應當追肥。以噴施葉肥為宜，因用固體化肥按缽施人不易掌握施用量，易造成肥燒。一般每隔5天左右噴一次葉肥，連續多次噴施，以保持秧苗從下至上各片大葉都是正綠色為準。
辣椒葉片比番茄和茄子小，相互遮蔭較晚，5-6片真葉時排稀即可。辣椒苗5片真葉以后生長加快，有徒長的可能，光排稀不行，應當把夜間氣溫降到13℃左右。大、中棚定植前一星期左右不澆水，逐漸降低苗床夜溫，進行秧苗鍛煉，增強幼苗對低溫的適應能力，但應保持在8℃以上。秧苗長到11 - 12片真葉并現蕾定植到棚室中，大、中棚栽培的育苗期為80-90天，日光溫室栽培的育苗期為100天以上。
