根據發揮的作用不同，人為地把養雞發酵床墊料大致分為三層：
上層為保護層，約5厘米厚。由于其暴露在最外層，溫度較低，發酵功能較弱，但起到保溫和保護作用，使中部發酵層保持穩定的、溫度較高的發酵環境；
中間為發酵層，溫度和環境比較穩定、是主要的發酵區。
下部為緩沖層，發酵能力也較弱，主要起保護中間發酵層溫度和內部發酵環境穩定、承數過量的水分等作用。
由于熱量通過傳導、輻射、對流和水分蒸發吸熱等途徑的散失，墊料表面的溫度始終接近雞舍空氣溫度。因而發酵作用主要集中在中間層，越往下接近中間核心層，溫度越升高，一般達到40—50℃，
再往下溫度逐漸下降。養豬發酵床局部墊料喬發酵活動旺盛時甚至達到60—70℃，過高的溫度會對功能菌群自身的活力產生抑制。不過墊料不斷翻動會給經過高溫的墊料補充菌種。
沒有糞尿的地方，干燥的墊料不發酵，當然就不產生效量，墊料保持地表溫度。
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