影響雞的生物因素包括病毒、細菌、真菌、酵母菌、支原體、衣原體和寄生蟲等。除了較大的寄生蟲外，這些生物一般都是微生物。
通俗地說，自然界中的微生物是相對于動物和植物的一個大的界別(這種敘述可能在生物學上不夠嚴謹)。微生物在地球表面的自然環境中幾乎無處不在。
地球上微生物重量比動物重量和植物重量都要多。
對于大多數人來說，一提到病毒和細菌，就等于是病原微生物，是致病的、有害的。實際上，微生物是地球環境中最古名、最原始和最基本的生命群體，沒有微生物就不會有后來進化出來的植物和動物。
動物、植物和微生物三大界別的互相依存，形成了地球自然界生命能量和生命物質的循環。沒有無處不在、互相依存又互相制約的微生物環境的支持和循環，動物和植物就不能生存。
與雞密切接觸和關聯的微生物群組成了雞的微生態環境，這主要包括三個方面：
—是體內體表的微生物群，這部分微生物群在很大程度上決定著塢的健康；二是與雞密切接觸環境中的微生物群；三是參與雞的生物鏈循環的微生物群，意義較大的是參與糞尿降解的微生物。
雞的體表如皮膚、體內與外界相通的呼吸道、消化道、泄殖腔等，都存在很多微生物。在這些微生物中，有的是長期生活在雞體內體表的共生或寄生的微生物，稱原籍菌或常住菌；有的是從雞所接觸的環境(土壤、水、空氣)中污染的，稱外來菌或微生物。
原籍菌是與雞在共同的長期進化過程中形成的，各自在雞體內的特定部位定居繁殖，定殖區域內的菌類及其數量基本保持穩定。在正常情況下，它們對雞的健康有益，甚至是雞所必需的，對雞具有營養、免疫及生物拮抗作用。如消化道內的微生物，參與了營養的消化、合成和吸收。雞腔道(如消化道、呼吸道等)中的微生物群還與接觸的雞體細胞發生能量流
動、物質交換和遺傳信息傳遞等作用，形成雞體內的微生態系統。
外來菌一般不能定殖在皮膚表面，如果定殖了就可能打破原有的微生態平衡，往往會對雞產生不利影響。
