疫苗免疫是當前預防病毒性傳染病的主要手段，對于一些細菌性傳染病藥物預防也不能代替疫苗預防。因此要加強疫苗防疫，結合當地疫情制定科學的免疫程序。
目前，我國的鴨病研究相對滯后，多數鴨病還沒有合法的疫苗和血清制品來預防接種。有條件的養殖場可以采用自家苗來免疫鴨群。下面推薦一個肉鴨的免疫程序，僅供參考。
1、在1～3日齡，鴨肝炎疫苗，皮下或肌肉注射，1頭份。有條件的鴨場要根據雛鴨體內的母源抗體滴度調整鴨肝炎疫苗的免疫日期。在本病高發區也可直接皮下注射高免血清或高免卵黃抗體。
2、到7日齡，鴨漿膜炎大腸桿菌二聯苗，皮下或肌肉注射，1頭份。
3、在7～10日齡，禽流感疫苗，頸部皮下或翼下肌肉注射，1頭份。目前禽流感疫苗合法產品有h9+h5、h5、h9三種，可根據當地情況選用單苗或聯苗。選擇適于當地免疫的效果較好的疫苗，才能控制鴨流感，降低死亡率。
4、至17～20日齡時，禽流感疫苗，頸部皮下或翼下肌肉注射，1頭份。根據當地情況可選用單苗或聯苗。
5、于21～28日齡，鴨瘟疫苗，皮下或肌肉注射，1頭份。
