肉鴨用藥要結合病情制訂合理的給藥方案，最好在獸醫的指導下進行。用抗菌藥治病時必須有合適的劑量、間隔時間及療程。
療程應充足，一般的感染性疾病可連續用藥3～4天，癥狀消失后再鞏固1～2天，以防復發，磺胺類藥的療程更長。
由于肉鴨生長周期短，新陳代謝旺盛，生長迅速，從而導致肉鴨的抗病能力和抗應激能力較差。在抓好養殖飼養管理和疫苗接種的同時，做好藥物預防是養殖戶降低死淘率、增加收益的最佳選擇。下面推薦一個肉鴨藥物預防程序：
1日齡：溫開水+葡萄糖+黃芪多糖。1日齡雛鴨由于運輸、轉群能量消耗大，應補充少量葡萄糖，減少激反應，提高健雛率、抗病力、成活率。
2～5日齡：白天用喹諾酮類藥物自由飲水，預防外源性細菌病。晚上用黃芪多糖混飲，誘導機體產生干擾素，提高機體的免疫機能，促進卵黃的吸收，迅速完善消化系統的機能，增強抗病能力。
4日齡：第一次帶鴨消毒。
8～10日齡：主要預防傳染性漿膜炎、壞死性腸炎等腸道細菌性疾病。
12日齡：第二次帶鴨消毒。
17～25日齡：用喹乙醇拌料，提高肉鴨生長速度，降低發病率，提高飼料轉化率。
21日齡：第三次帶鴨消毒。
28～30日齡：使用預防傳染性漿膜炎、壞死性腸炎等腸道細菌性疾病及慢性呼吸道病的藥物。
30～35日齡：填鴨階段，抓增重、防病、提高出欄率。此階段易發生鴨傳染性漿膜炎、流感、啄羽癥，因此，一定要加強管理，增加消毒次數?？咕?、強力多維飲水。
注射疫苗前一天，用電解多維飲水，有效減少應激，不減料，提高疫苗效力，加速抗體的產生。
